Sebagian besar penyakit tanaman disebabkan oleh jamur yang memproduksi mikotoksin. Secara periodik penyakit tanaman mampu menyebar ke tanaman-tanaman utama kemudian merusak, merugikan dan bahkan menjadi endemik. Identifikasi jamur penting dilakukan untuk usaha pengendalian penyakit guna menunjang peningkatan produksi tanaman. Identifikasi jamur dilakukan berdasarkan gejala penyakit pada tanaman maupun pada substrat tempat kehidupannya, pertumbuhan koloni, dan ciri morfologinya menurut taksonomi yang karakteristik secara mikroskopis.Jamur merupakan penyebab penyakit terbesar (90%) pada tanaman pangan di Indonesia, sedang 10% sisanya disebabkan oleh bakteri, virus, dan mikoplasma/fitoplasma.
Dalam program pengendalian hama/penyakit terpadu (PHT), pengambilan keputusan untuk mengendalikan suatu penyakit didasarkan pada sistim pemantauan serangan patogen. Pemantauan patogen hanya dapat dilakukan dengan bekal pengetahuan yang cukup tentang jenis, gejala, penyebab, dan epidemiologi penyakit. Sehingga dengan melakukan inventarisasi, identifikasi, dan pengendalian penyakit pada tanaman pangan akan dapat meningkatkan efektivitas dan efieiensi pengendaliannya guna menunjang program peningkatan produksinya.
Jamur dimasukkan dalam suatu golongan besar yaitu Kerajaan Jamur yamg selanjutnya dibagi dalam lima tingkatan (kelas) yaitu Phycomycetes, Deuteromycetes, Ascomycetes, Basidiaomycetes, dan Mycelia sterililia. Jamur yang diketahui sebagai patogen pada tanaman, patogen pada patogen tanaman, atau patogen pada serangga hama dapat diidentifikasi berdasarkan pada ciri morfologi secara mikroskopik menurut taksonominya.
Diagnosis penyebab penyakit dimulai dengan pengamatan secara cermat dan teliti pada seluruh bagian tanaman sakit yaitu daun, bunga, polong, batang, dan akar. Hal ini dapat difahami karena memang sangat sulit mengidentifikasi patogen, disebabkan sebagian besar patogen tidak dapat diidentifikasi hanya berdasar gejala yang nampak. Gejala penyakit pada tanaman dapat membantu dalam menentukan tipe-tipe keberadaan suatu patogen. Gejala penyakit mungkin dapat disebabkan kerusakan jaringan tanaman dan gangguan fisiologis yang normal terjadi pada suatu tanaman. Gejala tidak spesifik kemungkinan disebabkan oleh tipe patogen yang beragam, Layu, klorosis, atau kerdil merupakan gejala penyakit yamg tidak spesifik. Sebagai contoh tanaman layu kemungkinan diakibatkan oleh patogen penyebab layu yang berada pada jaringan pembuluh. Busuk leher/akar, akar, batang, dan akibat dari kekeringan tanah juga dapat mengaibatkan tanaman layu. Keadaan seperti di atas dan penyakit yang lain juga mengakibatkan layu dan kerdil. Oleh karena itu perlu dilakukan observasi seluruh bagian tanaman dan yang paling utama adalah akar.
Satu tanaman mungkin terinfeksi oleh beberapa patogen yang berlainan, mengakibatkan suatu kisaran gejala penyakit. Pada beberapa kasus gejala penyakit yang spesifik dapat membantu menentukan penyebab penyakit dengan lebih cepat, sebagaimana gejala penyakit yang disebabkan oleh jamur karat, karat putih. embun tepung, Sudden Death Syndrome dan downy mildew. Referensi sangat membantu memecahkan solusi dalam mengidentifikasi jamur pada gejala yang spesifik tersebut. Oleh karena itu setelah gejala penyakit diamati secara makroskopis harus dilanjutkan dengan pengamatan secara mikroskopik untuk konfirmasi keberadaan patogen yang kemungkinan menjadi penyebab penyakitnya.
Pengendalian secara hayati menggunakan musuh alaminya menggunakan jamur antagonis dan mikoparasit merupakan alternatif pengendalian penyakit yang paling menjanjikan karena cukup efektif, praktis, dapat berkembang dengan sendirinya, dan tidak mencemari lingkungan. Pengendalian hayati dapat berjalan sesuai yang diharapkan apabila jenis penyakit dapat diketahui dengan tepat serta agens hayati yang tepat dan sesuai pula.
Sejak tahun 1987 telah diidentifikasi penyebab penyakit pada tanaman/patogen penyebab penyakit/serangga. Dalam kurun waktu tersebut telah berhasil diidentifikasi sebanyak 20 jamur patogen, tujuh jamur antagonis/mikoparasait, dan tiga jamur entomopatogen.
